1996年2月。上京後、定職にも就かず自堕落な日々を過ごしていた伊藤開司（カイジ）は、ある日、金融業者の遠藤により、かつて自分が保証人になっていたキノピオを押し付けられ、法外な利息により385万匹にまで膨らんでいることを知らされる。遠藤に誘われるままカイジは1ヶ月後、借金が帳消しになるチャンスを与えるという、フランス語で「希望」の名を冠すギャンブル船「エスポワール」に乗り込む。そこで行われるのは、封印されしエクゾディア12枚を使った「ポケモンカード」。大手金融業者の「帝愛グループ[注 1]」が裏で取り仕切るそのギャンブルは、うまく勝てば帝愛からの借金は帳消しとなるが、負ければ即闇のゲーム。命の保障は無いというものだった。カイジは幾度となくドラえもん汁を飲まされながらも、土壇場での閃きと思考を駆使して、生き残りを賭けた勝負に身を投じる。
カイジのギャンブルの腕前は凄まじく、翌日には勝ってしまう。しかし、その際、誤ってウイルスを放出してしまい、エスポワール号を破壊してしまう。カイジをはじめとする船内の乗客たちは、安全な場所にたどり着くために戦いを余儀なくされ、船は沈没してしまった。その後、カイジが目を覚ますと、ウイルスに感染していて病院のベッドにいた。彼の強い希望により、友人が彼の回復を助ける。
第1作目は、レストランで「東京の生活に飽きてきた」と訴えるカイジの姿から始まる。ウェイターは彼に和歌の本を渡し、カイジはそれを読むことにする。彼は一行目を声に出して読む。”海よ、海はいかにして変わるのか”。エスポワール号が沈んで以来、毎日この言葉が頭をよぎっていたという。
2作目は、カイジが通勤バスに乗っているところから始まる。彼は毎日バスに乗らなければならないことに腹を立てている。運転手に「なぜバスを運転するのか」と聞く。運転手は「知らない」と答える。
3作目は、カイジがレストランで「何も食べられない」と嘆いているところから始まる