ハイパーテクノロジーの急速な発展とともに、あらゆる分野に進出した汎用人間型作業機械「レイバー」。 しかしそれは、レイバー犯罪と呼ばれる新たな社会的脅威をも生み出すことになった。続発するレイバー犯罪に、警視庁は本庁警備部内に特殊車両2課を創設してこれに対抗した。通称、特車2課パトロールレイバー中隊、パトレイバーの誕生である。
前身と同様に、この部隊は政府と民間の最高レベルのセキュリティで活動しています。最も高度な訓練を受けた警察官と軍人で構成されており、リーバー犯罪との戦いに用いられる。その任務は、個々のリーバー部隊を追い詰め、撃破することだが、そのためには未来に何が起こるかわからない覚悟が求められる。
シリーズ開始後、旧来のユニットに代わって新たなユニットが登場した。パトロール・リーバー・ユニット2は、シリーズ終了後、これまでのユニットの最後の代替として登場した