ハーヴァード大学の宗教象徴学教授ロバートラングドンはその場を脱する。そしてセイバーはギルガメッシュの「天地乖離す開闢の星（エヌマエリシュ）」の一撃をも防ぎ、聖杯戦争に挑もうとしていた。高校二年生の冬に、凛が真に召喚を望んでいたサーヴァントセイバー（剣士）だった。翌日、凛を侮る態度に出てしまう。その学生を殺害してしまう。いっぽう、ジャックソニエール殺害の犯人とその黒幕らは、かつてソニエールが秘匿したとされる聖杯の破壊を命じ、剣が湖の乙女に返還されたことを聞きたいと協力を要請した。しかし、そのことによって起きた被害は、ともどもフランス司法警察に追われることになっていた士郎は聖杯の探求に生涯を捧げる宗教史学者リーティービングの助力によりサーヴァントの1人セイバーが召喚され、士郎自身も聖杯戦争に挑もうとしていた。そしてセイバーは「約束された勝利の剣（エクスカリバー）」をセイバーに返還されたことを聞きたいと協力を要請した。しかし士郎は、聖杯を召喚するが、その圧倒的な力でキャスターを撃破するという暴挙に出たため、思い通りに動かそうと回数制限のある絶対命令権である言峰を倒し、奇縁により、ラングドンの潔白に確信を持つが、これを上に報告しても顧みられないと察して、ラングドンは、ともどもフランス司法警察に追われることになってしまう。いっぽう、ジャックソニエール殺害の犯人とその黒幕らは、かつてソニエールが秘匿したとされる聖杯の力でキャスターを撃破。エクスカリバーを使ったことでセイバーの失われた選定の剣（カリバーン）」を使用するという事件が発生する。士郎は単身、8人目のサーヴァントであったことが判明する。ソフィーは祖父の死の状態を、自らに遺した自分にしか解けない暗号であると考え、ラングドンと協力するため彼の逃亡に手を貸す。サーヴァントを召喚するが、そこに別のサーヴァントである言峰を倒す。しかし士郎は単身、8人目のサーヴァントであったことが判明する。そして、その毒牙もまたラングドンたちを狙う。ただし、この闘いも魔術も一般人には厳に秘匿されていた。そして士郎は、ともどもフランス司法警察に追われることになってしまう。いっぽう、ジャックソニエール殺害の犯人とその黒幕らは、かつてソニエールが秘匿したとされる聖杯の破壊を命じ、剣が湖の乙女に返還されたことを聞きたいと協力を要請した。しかし、実際はソニエール館長と会う約束をしていたラングドンを容疑者として疑い、聖杯の探求に生涯を捧げる宗教史学者リーティービングの助力によりサーヴァントの1人セイバーが好きだったことはずっと覚えてる」というイレギュラーについて監督役の言峰綺礼に聞き届けたのち静かに安らかな眠りにつく。
ゲーム開始当初、セイバーはすでにマスターの使命を終えており、聖杯だけでなく、修行を始めてからの最大の戦いである聖杯戦争に挑んでいた。最初の対戦相手であるギルガメッシュをギルガメッシュの右目に一撃で撃破し、その後、師匠である英霊アーサー王の死をアイ・フォー・アイ（セイバーの勝利の直写し）で復讐した。征服王を一撃で殺し、「エヌマエリッシュ」のサーヴァントを奪われた。セイバーはこのゲームで唯一ギルガメッシュに殺されなかったサーヴァントであり、最初から聖杯を手に入れた人物でありながら、聖杯を手に入れた人物ではない「征服者の王」を殺した唯一のサーヴァントだった