時は西暦2108年、かつて東京と呼ばれたこの地に、巨大な帝国が君臨していた。名を「大麻布帝国」という。この国の首都は「麻布学園都市」。ここでは世界で最もレベルの高い教育をおこなっている。大麻布帝国の目標は、日本全土を帝国の支配下とし、麻布学園の高度な教育と皇帝の支配力で全人類を味方につけることだった。現在大麻布帝国の皇帝に君臨しているのはタイラー二世。この帝国が2027年4月に誕生してから四人目の皇帝だった。タイラー二世は初代皇帝の掲げたこの目標の達成を誰よりも望み、実現させようとしていた。
そして、2028年、麻布学園で連続爆破事件が発生する。何者かが学園を内側から爆破しようとしていたようだ。生徒の一人である麻布風祭は、自らの死を招く形でこれを乗り切った。これが連鎖反応を起こし、日本全土を破壊し始めた。
2029年、”ツバサ “という名の若い女性が率いる特殊部隊 “御手洗13 “が結成される。かつて日本の大地に生息していた龍の番号にちなんで名付けられた。つばさはこのユニットのメンバーであり、”御手洗13始祖 “と呼ばれている。つばさ自身も「御手洗13課」に所属しており、階級は中佐である。
2036年、もうひとつの特殊部隊 “御手洗13 “が結成される。これは “コクハク “という女性隊員が率いる “ゴテイ13 “の分派である。國學は御手洗13課の創設者であり、階級は中佐である。
2047年、麻布帝国の復興は、御手洗13課が担っている