物語の舞台は西暦2000年9月13日に起きた大災害セカンドインパクトによって世界人口の半数が失われた世界。その15年後の西暦2015年、主人公である14歳の少年碇シンジは、別居していた父、国連直属の非公開組織・特務機関NERVの総司令である碇ゲンドウから突然第3新東京市に呼び出され、巨大な汎用人型決戦兵器エヴァンゲリオン初号機のパイロットとなって第3新東京市に襲来する謎の敵「使徒」と戦うことを命じられる
シンジは、アニメシリーズ「エヴァンゲリオン」の主人公であり、主役である。彼は14歳の少年で、NERVの研究実験から放出された後、エヴァンゲリオン初号機の他のパイロットたちと共に発見されました。現在のヱヴァンゲリヲン新劇場版01号機のパイロットである。新人パイロットとして、02号機のパイロットに任命される。エヴァンゲリオン初号機のパイロットである惣流・アスカ・ラングレーの14歳の娘、綾波レイは彼と同じ部隊に配属された。シンジは、エヴァンゲリオン初号機のパイロットに選ばれた2人目のパイロットである。
彼は幼い頃に父親に捨てられた孤児である。情緒不安定のため、孤児院を追放され、その後、ある孤児院に預けられていた。母親の自殺により、いとこと一緒に暮らしており、2人で小さなワンルームマンションに住んでいる。彼はとても思いやりがあり、親切で、どんな状況でも怖がらない優しい少年です。過去の経験から、真司はよく落ち込むことがあるが、それは人間である以上避けられないことである。それは人間として避けられないことです。