物語の舞台は西暦2000年9月13日に起きた大災害セカンドインパクトによって世界人口の半数が失われた世界。その15年後の西暦2015年、主人公である14歳の少年碇シンジは、別居していた父、国連直属の非公開組織・特務機関NERVの総司令である碇ゲンドウから突然第3新東京市に呼び出され、巨大な汎用人型決戦兵器エヴァンゲリオン初号機のパイロットとなって第3新東京市に襲来する謎の敵「使徒」と戦うことを命じられる
シンジは、同級生の綾波レイ、惣流・アスカ・ラングレーとともに、エヴァンゲリオン01号機への入隊を決意する。訓練中、彼らは「エヴァンゲリオン以外の人間を皆殺しにする」という世界で最も困難な試練に挑むことになる。しかし、彼らは “使徒 “よりも恐ろしい存在、街に侵入してきた天使のような生物 “ネルフエヴァ “と戦うことになる。
レイ、アスカ、シンジが天使を撃退するための訓練をしている中、01号機の他のメンバーや学校の友人たちは、街に現れた “ネルフ・エヴァ “に衝撃を受ける。ヱヴァンゲリヲン新劇場版01号機と “ネルヴ・イーヴァ “の戦いは、学生がNERVに入局する前の最後の試練と捉えられている。
シンジ、アスカ、レイの3人は、東京3区にあるNERVの訓練施設に入る。5人は一連の訓練を受ける。訓練中、02号機と03号機が起動する。大規模な戦闘が繰り広げられ、01号機は “ネルフ・エヴァ “に敗れてしまう。最後にシンジとアスカは “ナーヴ・エヴァ “を殺してしまう。