この日本アニメ映画は石器時代と古代(ギリシャやローマ)と中世が混ざったような未来世界を舞台としています。ストーリーにもそのタイトルや世界観が生かされています。
この邦画のタイトルは、日本語の「山の国」を意味する「水」と「大地」を意味する「瀧」に由来しています。映画のプロットは、主人公と同じ世界を舞台に、2つの派閥間の戦争を回避しようとするものです。また、自分の世界を作る男の映画と同じ年に設定されています。
人間であるこの映画の主人公は、元兵士で、両親と妹と一緒に暮らしています。妹が結婚すると、彼は陸軍士官学校に行きたいと思うが、妹の家族のことを考えると無理である。その後、彼は民間企業に雇われて仕事をすることになる。その仕事では、ヒロインと主人公が旅をする船を建造するための「音無」というロボットを担当する。主人公とヒロインは、ロボットと同じ船で旅をすることになることを知る。そのことに気付いた時、ロボットが主人公と同一人物であることに気付きます