この日本アニメ映画は石器時代を思わせる文化と世界大戦期の技術を併せ持った未来世界を舞台としています。ストーリーにもそのタイトルや世界観が生かされています。
この映画は、東京近郊の都市を舞台に、「モスラ」と呼ばれる絶滅危惧種の野生動物を保護する使命を帯びた若者たちの姿を描いています。
日本のモスラに敗れた人間たちは、モスラを救うためにマコという少女を派遣することにした。
マコはまず巨大な蛾の獣に遭遇し、その後、ケンイチというもう一人の少年と友達になり、ハジメという彼女の敵となる少年と出会う。
物語は、マコとケンイチが、人間に迫害されているモスラの集団を助けるところから始まり、その後モスラが怪獣に襲われる。
映画のエンディングではモスラが絶滅していく様子が描かれ、日本のモスラが最後のモスラであることが発表される。
主人公はマコという女性で、彼女は川上美紀という高校生で、蛾の羽を使って飛ぶ力を持つ数少ない人間の一人である。
マコは高校に通っていて、クラスの代表でもあり、学校のお姫様でもあります。
眞子は高校の女子生徒である。