俺は高校生探偵、工藤新一。幼馴染で同級生の毛利蘭と遊園地へ遊びに行って黒ずくめの男の怪しげな取引現場を目撃した。取引を見るのに夢中になっていた俺は、背後から近づいてくるもう一人の仲間に気づかなかった。俺はその男に毒薬を飲まされ、目が覚めたら・・・体が縮んでしまっていた。工藤新一が生きているとやつらにばれたらまた命を狙われ、周りの人間にも危害が及ぶ。阿笠博士の助言で正体を隠すことにした俺は、蘭に名前を聞かれて、とっさに江戸川コナンと名乗り、やつらの情報をつかむ為に、父親が探偵をやっている蘭の家に転がり込んだ。たった一つの真実見抜く見た目は子供、頭脳は大人、その名は、名探偵コナン。
工藤新一 編集 コナンの初登場は名探偵コナンのエピソード「ふたたび」( 番いたち , ふたたび？)で、黒ずくめの男が入った遊園地を訪れた。なぜ新一が黒ずくめの男を遊園地に連れて行ったのかは不明だが、このエピソードではコナンが自宅に向かう途中、毒で襲われたと書かれている。エピソード中、コナンが新一の実の父親であることが明言されたが、それは明かされなかった。初めてコナンを見たとき、彼はまだ制服を着ていた。コナンの父、阿笠博士は高校生探偵だった。阿笠博士には息子の工藤新一がおり、新一が通う小学校に通っていた。コナンがこのエピソードに登場したとき、新一は父を訪ねようとして、まだ正体不明の黒ずくめの男に襲われた。コナンは意識を失っていたため病院には運ばれなかった。黒ずくめの男はコナンに毒を盛られ、反撃する力もなかった。新一は警察に父親の死を届けに行ったが、父親の家に戻るのは危険だと言われた（このエピソードは、警察がコナンに工藤新一に危害を加えようとしたことで犯罪者になる可能性があると告げるところで終わっている）。このエピソードでは、新一には毛利という妹がいることも明かされた