ザクIIには、ザクIIを自律的に制御・操縦するための新しいエネルギーシステムが搭載されている。
また、ザクIIの新しいエネルギーシステムは、外部からの支援を受けずに長時間稼働することができる。ザクIIのエネルギー制御システムは船体のフレームに組み込まれているため、メインフレームから完全に独立しており、メインフレームのコンピュータシステムから独立して動作することができる。さらに、ザクIIの強力なエネルギーシステムのおかげで、マッハ2の速度で飛行することができる。
ザクIIの新エネルギーシステムは、地球連邦軍が開発したエネルギー制御システムをベースにしており、ザクIIのエネルギー出力を制御し、そのエネルギーを使って自走することができる。また、この新エネルギーシステムにより、「ザクII」は、より多くのエネルギーを自分の飛行に利用できるようになった